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L'Usine Santé

[Tribune] Explosion du volume de données dans la recherche fondamentale et la R&D en biologie : il est urgent de repenser leur stockage et organisation

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Publié le

Tribune Bruno Sargueil directeur de Recherche et employé au CNRS depuis plus de 20 ans, il collabore avec INEON Biotech en tant que Scientific Advisor pour mettre au point une suite logicielle fonctionnant en mode cloud.

[Tribune] Explosion du volume de données dans la recherche fondamentale et la R&D en biologie : il est urgent de repenser leur stockage et organisation

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Jamais nous n’aurons atteint un tel niveau de sophistication dans la compréhension des phénomènes et le contrôle des procédés. Jamais il n’aura été aussi urgent de se pencher sur les problèmes inhérents de stockage, d’organisation, d’accession, d’agrégation et d’analyse de toutes ces données.

Apparition de nouvelles technologies, miniaturisation, automatisation croissante : chaque jour, nous générons une quantité de données faramineuses. La recherche fondamentale et la R&D en biologie, participent évidemment à cette course. L’explosion du volume des données soulève plusieurs problèmes, à savoir le stockage, l’accessibilité, l'organisation, l'agrégation mais également l'analyse de toutes ces données.

Miser sur le cloud pour un stockage agile et durable

Le stockage est une question de place mais aussi d’organisation et de sécurité. Il y a encore quelques années, on regroupait toutes les données dans une base, sur un serveur, avec aucun accès externe, aucune possibilité de rechercher dans les textes, tableaux Excel …
Aujourd’hui, la disponibilité et la rapidité d’accès aux données sont cruciales et le cloud privé, partagé ou mixte est la première clé de la performance.
Il fait, en plus, l’économie de l’achat et la gestion de votre infrastructure en assurant votre sécurité. La recherche est un domaine sensible, objet de l’espionnage industriel.  Les enjeux politiques et économiques nécessitent de choisir des Cloud hautement sécurisés et hébergés dans le giron national.

S’organiser grâce aux compounds and data management software

Comment retrouver les données pertinentes ?  C’est tout l’objet des cahiers de laboratoire électroniques et des « compounds and data management software ». Le plus simple consiste à organiser ses données dès le début de l’activité à un moment ou cela à semble superflu à beaucoup. Pour que cela soit acceptable pour tous les acteurs le long de la chaîne, ces logiciels se doivent d’être simples à installer, à utiliser et à entretenir.
C’est ce que nous avons cherché à faire avec un logiciel dédié à la gestion des chimiothèques dans le cadre de la recherche de médicaments. De même qu’une solution pour la gestion des produits de laboratoires permet de ne plus perdre de temps à rechercher les réactifs, à connaître l’état exact des stocks ou même à préparer un budget.

Agréger les données tous formats confondus

De nombreux logiciels, souvent fournis avec les appareils, permettent l’analyse des données provenant d’un appareil spécifique. Cela peut très rapidement devenir un véritable casse-tête quand il s’agit d’agréger des données pour les comparer ou réaliser des corrélations. Ces logiciels ont en effet souvent des formats spécifiques et ne sont pas forcément compatibles. Il est toujours envisageable de solutionner ces problèmes de format en ressaisissant les données dans un tableur ou en utilisant un petit script...Une autre solution consiste à intégrer au fur et à mesure les résultats dans une même base de données à partir de laquelle ils peuvent ensuite être extraits dans un format standard.

Des logiciels user friendly au service de la recherche translationnelle

Trop de logiciels ont été développés par des spécialistes pour des spécialistes, voire par des informaticiens n’ayant pas imaginé que leur clientèle cible n’avait peut-être aucune compétence en informatique !
Prenons ainsi l’exemple des criblages à haut débit pour le développement de candidats médicaments, qui figurent parmi les premières expériences à haut débit apparues dans le monde de la biotechnologie. La miniaturisation des essais et leur automatisation ont permis de réaliser des criblages sur des chimiothèques de plus en plus importantes. Il a alors fallu se poser la question de la gestion des structures chimiques, des stocks, des opérations robotiques, des propriétés et des résultats attachés à chacune des molécules, mais également celle de l’analyse de ces résultats. Sous l’impulsion des Big Pharmas, beaucoup de logiciels extrêmement sophistiqués ont été développés. Bien que très complets, ils restent souvent complexes d’utilisation, peu agiles et nécessitent l’intervention périodique d’un Database manager.

Pas de bonne analyse sans bonne expérience utilisateur!

L’ergonomie et la simplicité d’utilisation des outils utilisés sont à mon sens les préalables indispensables à une bonne analyse des données.
Outre la facilité de mise en œuvre, c’est la garantie d’une visibilité pour tous les métiers agrégés au long du projet qui est primordiale. L’innovation dans le développement de solutions thérapeutiques relève d’une recherche dite translationnelle qui va du savoir fondamental jusqu’à l’application médicale. Pour collaborer efficacement, l’information doit être accessible à toutes les compétences au long de la chaîne de développement.

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