Le supercalculateur IBM Summit mobilisé pour lutter contre le coronavirus SARS-CoV-2

Afin d’identifier la molécule idéale pour enrayer l’épidémie de COVID-19, des chercheurs du Laboratoire national d’Oak Ridge (Tennessee) ont simulé le comportement de 8 000 protéines grâce à Summit, le plus puissant supercalculateur en service. 77 petites molécules ont été identifiées comme candidates pour un médicament.

Partager
Le supercalculateur IBM Summit mobilisé pour lutter contre le coronavirus SARS-CoV-2

Summit a été appelé à la rescousse pour aider à trouver un traitement contre le COVID-19. Micholas Smith et Jeremy Smith, deux chercheurs du Laboratoire national d’Oak Ridge (ORNL), ont utilisé le supercalculateur le plus puissant du monde pour identifier 77 petites molécules potentiellement efficaces contre le coronavirus SARS-CoV-2.

Les chercheurs sont partis de l'hypothèse, issue des travaux chinois sur le séquençage génétique du SARS-CoV-2, que ce virus s'accrochait aux cellules humaines de la même manière que le Sars qui avait sévi en 2003 : via une protéine du coronavirus baptisée protéine S. Se fondant sur les études déjà menées sur la structure de cette protéine, les chercheurs en ont construit un modèle numérique sur lequel ils ont virtuellement testé 8000 molécules, naturelles ou médicamenteuses.

En simulant les dynamiques moléculaires avec le logiciel GROningen MAchine for Chemical Simulations (GROMACS), ils ont ainsi identifié 77 molécules les plus à mêmes d'interagir avec la protéine S pour l'empêcher d'infecter les cellules humaines. Le tout en moins de deux jours « alors que cela aurait pris des mois sur un ordinateur normal », souligne Jeremy Smith. Le résultat de leur étude a été publié sur le site ChemRxiv et a fait l’objet d’un communiqué de l’ORNL le 5 mars.



Le chercheur précise que les 77 molécules retenues doivent être maintenant testée en laboratoire : « Nos résultats ne signifient pas que nous avons trouvé un remède ou un traitement contre le coronavirus de Wuhan. Nous espérons toutefois que nos résultats éclaireront les études futures et fourniront un cadre que les expérimentateurs utiliseront pour mieux étudier ces composés. Ce n’est qu’alors que nous saurons si l’un d’entre eux présente les caractéristiques nécessaires pour atténuer ce virus. » Après le temps de la simulation vient celui de l’expérience.

Avec ses 4608 nœuds, constitués chacun de deux CPU IBM Power9 et six GPU NVIDIA Tesla V100, Summit peut atteindre les 200 pétaflops (soit 200 millions de milliards d'opérations par seconde). « Nous avons demandé aux responsables techniques et industriels d'IBM d'envisager toutes les options pour aider les agences gouvernementales et sanitaires à surveiller et à gérer l'épidémie », a déclaré à ZDNet Ginni Rometty, PDG d'IBM.

Celle-ci a aussi déclaré que l'unité Watson Health d'IBM travaillait directement avec les organisations de santé du monde entier pour mieux comprendre la nature de COVID-19 : « Le système de développement clinique d'IBM a été mis à la disposition - sans frais - des agences nationales de santé pour réduire le temps et le coût des essais cliniques en fournissant des données et des analyses à partir de dispositifs fonctionnant sur le web, a-t-elle déclaré. Et notre outil cognitif Operational Risk Insight a été mis à la disposition des ONG. »

La communauté du supercalcul aide la recherche contre le coronavirus à travers le monde

IBM n'est pas le seul acteur du supercalcul à apporter son soutien à la lutte contre le coronavirus. Voici une liste, non exhaustive, de quelques projets similaires :

SUR LE MÊME SUJET

Sujets associés

NEWSLETTER Santé

Nos journalistes sélectionnent pour vous les articles essentiels de votre secteur.

Votre demande d’inscription a bien été prise en compte.

Votre email est traité par notre titre de presse qui selon le titre appartient, à une des sociétés suivantes...

Votre email est traité par notre titre de presse qui selon le titre appartient, à une des sociétés suivantes du : Groupe Moniteur Nanterre B 403 080 823, IPD Nanterre 490 727 633, Groupe Industrie Service Info (GISI) Nanterre 442 233 417. Cette société ou toutes sociétés du Groupe Infopro Digital pourront l'utiliser afin de vous proposer pour leur compte ou celui de leurs clients, des produits et/ou services utiles à vos activités professionnelles. Pour exercer vos droits, vous y opposer ou pour en savoir plus : Charte des données personnelles.

LES ÉVÉNEMENTS L'USINE NOUVELLE

LES PODCASTS

Le Mans, capitale du son

Le Mans, capitale du son

Dans ce nouvel épisode de La Fabrique, Olivier James nous emmène au Mans pour nous faire découvrir un écosystème surprenant : celui de l'acoustique. En quelques années, la...

Écouter cet épisode

Le design dans le monde d'après

Le design dans le monde d'après

L'ancien secrétaire d'Etat socialiste, Thierry Mandon, est président de la Cité du Design de Saint-Etienne. Dans ce nouvel épisode du podcast Inspiration, il présente la Biennale...

Écouter cet épisode

Viande in vitro, végétal... Frédéric Wallet dresse le menu de demain

Viande in vitro, végétal... Frédéric Wallet dresse le menu de demain

Dans ce nouvel épisode de « Demain dans nos assiettes », notre journaliste reçoit Frédéric Wallet. Chercheur à l'Inrae, il est l'auteur de Manger Demain, paru aux...

Écouter cet épisode

La fin du charbon en Moselle

La fin du charbon en Moselle

Dans ce nouvel épisode de La Fabrique, Cécile Maillard nous emmène à Saint Avold, en Moselle, dans l'enceinte de l'une des trois dernières centrales à charbon de...

Écouter cet épisode

Tous les podcasts

LES SERVICES DE L'USINE NOUVELLE

Trouvez des produits et des fournisseurs

Industrie pharmaceutique

VALVES SOUDABLES

OPS PLASTIQUE

+ 240 000 Produits

Tout voir
Proposé par

Trouvez les entreprises industrielles qui recrutent des talents

VILLE DE CALLAC

Technicien des Services Techniques H/F

VILLE DE CALLAC - 31/03/2022 - CDD - CALLAC DE BRETAGNE

+ 550 offres d’emploi

Tout voir
Proposé par

Accédez à tous les appels d’offres et détectez vos opportunités d’affaires

75 - D'ANTIN RESIDENCES

Audit énergétique décret tertiaire

DATE DE REPONSE 17/06/2022

+ de 10.000 avis par jour

Tout voir
Proposé par

ARTICLES LES PLUS LUS