Embrace veut standardiser l'accès aux données bioinformatiques

Le projet de réseau bioinformatique européen Embrace démarre. Doté par la commission européenne de 8,28 millions d'euros pour cinq ans, il vise à standardiser l’accès aux données.

Le projet Embrace, qui a débuté offciellement le 1er février rassemble 16 partenaires de 11 pays, dont trois équipes du CNRS. Son but : standardiser l'accès aux innombrables données issues des projets de génomique, et leurs méthodes d'étude, afin que les chercheurs puissent les consulter et les exploiter facilement.

Ce réseau permettra aux chercheurs de mettre eux-mêmes leurs données en commun, sous une forme standardisée, et de consulter celles de leurs confrères. Ils auront également la possibilité de travailler sur ces données, grâce aux logiciels mis à leur disposition.

Embrace utilisera la technologie de «grille », où un grand nombre d'ordinateurs géographiquement éloignés les uns des autres travaillent en réseau afin d'offrir une importante capacité de stockage et de calcul. Avec Embrace, les utilisateurs de données bioinformatiques se 'brancheront' sur le site Internet de la grille et accèderont ainsi aux dernières versions des données en toute simplicité. Les fournisseurs, moins nombreux que les utilisateurs, se chargeront de faire évoluer les standards et les fonctionnalités de la grille.

Les 16 partenaires du projet sont répartis en cinq groupes, chacun en charge d'une tâche particulière :
- le European Bioinformatics Institut (EBI), coordinateur d'Embrace, intégrera les bases de données et les algorithmes de référence à Embrace, afin que les biologistes puissent tout de suite commencer à s'en servir. Il s'agit par exemple de la base américaine Medline ou de la base suisse Swissprot.
- Le CNRS est responsable des choix et de la veille technologique : il fera en sorte qu'Embrace bénéficie des dernières avancées en matière de grille et que les options retenues soient les mieux adaptées aux problématiques de la bioinformatique. Les trois équipes du CNRS sont l'Institut de biologie et de chimie des protéines (IBCP) de Lyon, le centre de calcul de Lyon et le Laboratoire de physique corpusculaire (LPC) de Clermont-Ferrand.
- L'Université d'Uppsala, en Suède, testera la réponse d'Embrace à des questions typiques : quels sont les gènes qui favorisent l'apparition des cancers ? Lors de ses mutations, le virus de l'hépatite C est-il devenu plus dangereux ?
- L’'Université de Nijmegen, aux Pays-Bas, coordonnera la promotion de la grille auprès des chercheurs en biologie et leur formation, pour qu'ils y intègrent leurs données.

Franck Barnu
(source CNRS)

Pour en savoir plus
Christophe Blanchet (IBCP) Tél : 04 72 72 26 71
Mél : christophe.blanchet@ibcp.fr
Vincent Breton (LCP) Tél : 04 73 40 72 19 Mél : breton@clermont-in2p3.fr

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