Covid-19 : Trois résultats scientifiques clés pour repenser la doctrine de dépistage par RT-PCR

La probable réduction de la période de quarantaine annoncée par le gouvernement le 6 septembre n’est qu’un premier pas. De plus en plus de voix appellent à repenser la doctrine de dépistage par RT-PCR. En s’appuyant sur les connaissances qui se consolident sur le SARS-CoV-2 et sa transmission. Trois résultats majeurs peuvent nous guider.

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Covid-19 : Trois résultats scientifiques clés pour repenser la doctrine de dépistage par RT-PCR

De plus en plus de voix le clament depuis quelques semaines : il faut repenser la stratégie de dépistage par RT-PCR mise en œuvre pour casser les chaînes de contamination par le Covid-19. Le mouvement semble être amorcé avec l’annonce par le gouvernement, ce week-end, d’une possible réduction de la période de quarantaine. Une série de publications scientifiques est venue ces derniers jours consolider un certain nombre de connaissances sur le SARS-CoV-2 et sa transmission, à même de guider la révision de la doctrine.

Outre la multiplication des tests à l’aveugle qui a fini par dépasser les moyens humains et matériels des laboratoires, le fond du problème est résumé par le Docteur Yvon Le Flohic dans un entretien à Industrie & Technologie s : « Les tests RT-PCR pratiqués actuellement sont de mauvais tests de contagiosité. » Conséquence de ce hiatus : d’une part l’incapacité à empêcher l’augmentation des nouveaux cas en France et, d’autre part, des mises en quatorzaine massives de personnes pourtant non contagieuses.

Un patient modéré n’est presque plus contagieux à partir de 5 jours après les symptômes

Dans une synthèse de la littérature scientifique publiée le 25 août dans la revue Clinical Infectious Diseases, des chercheurs de la Harvard Medical School apporte des réponses claires résumées dans un schéma, dont une traduction réalisée par Frédéric Adnet, professeur de médecine d’urgence et auteur d’une newsletter sur le Covid-19, est reproduite ci-dessous.

Graph contagiosité Covid-19

Graphique issu de Rhee et al. (Clinical Infectious Deseases, 25 août 2020)

Premier élément-clé : la période pendant laquelle une personne est contagieuse est très limitée. La grande majorité des contaminations intervient ainsi avant le cinquième jour (J+5) après l’apparition des symptômes. Détecter un cas de Covid-19 après ce moment ne sert donc pas à grand-chose pour freiner la contagion. Or, selon Santé publique France, au 30 août, le délai moyen entre la date de début des symptômes et la date de prélèvement était de 3,8 jours. Même avec des résultats obtenus en 24h – ce qui est rarissime aujourd’hui -, on arrive trop tard.

Le prélèvement comme l’analyse RT-PCR doivent s’inscrire dans une course de vitesse. L’utilisation de prélèvements salivaires, plus simples et possiblement réalisables par le patient, est une piste de choix pour accélérer la première étape. Réserver des capacités d’analyse rapide pour les cas symptomatiques ou utiliser certaines méthodes de pooling pourrait permettre d’accélérer la seconde.

La RT-PCR reste positive bien après la période de contagiosité

Un test RT-PCR peut ne pas détecter le virus s’il est réalisé trop tôt après la contamination. Mais le principal écueil de la RT-PCR est que des patients peuvent être positifs sans être pour autant contagieux. On ne peut pas pour autant parler de faux positif : la RT-PCR détecte en effet non pas la présence spécifique de virus vivant mais la présence de séquences génétiques du virus.

Ces bouts d’ARN peuvent persister dans l’organisme longtemps après l’infection et la période de contagiosité, au-delà même de J+45. Une étude portant sur une cohorte italienne et publiée le 2 septembre dans BMJ Open établit ainsi qu’un délai médian de 36 jours a été observé entre l’apparition des symptômes et le moment où les patients arrêtent d’excréter de l’ARN du virus, détecté par la RT-PCR

L’analyse des chercheurs de Harvard montre bien comment cette positivité à la RT-PCR subsiste longtemps après la période de contagiosité. Dans la majorité des cas bénins ou modérés de Covid-19, il devient impossible de cultiver in vitro du virus à partir des excrétions du patient au dixième jour (J+10) après l’apparition des symptômes. Autrement dit, après ce délai, le patient n’excréterait plus du tout de virus vivant donc ne serait plus contagieux. Les cas plus graves de Covid-19 excrètent plus longtemps du virus vivant mais, à J+15, moins de 5% d’entre eux permettent de cultiver le virus à partir de leurs excrétions.

Des résultats similaires ont été rapportés par des chercheurs de l’Agence de santé publique anglaise dans un article paru le 13 août dans Eurosurveillance : « La probabilité de cultiver du virus chute (…) à 6 % dix jours après l’apparition des symptômes, aussi bien chez les patients asymptomatiques que symptomatiques. »

Ces résultats peuvent amener à reconsidérer la durée de l’isolement imposé aux personnes testées positives à la RT-PCR, comme l’envisage le gouvernement. Ils indiquent aussi que demander un test négatif à l’issue d’une quatorzaine pour reprendre ses activités n’a guère de sens.

Les tests RT-PCR pourraient mieux aider à évaluer la contagiosité en jouant sur le Ct

L’autre problème de l’utilisation de la RT-PCR pour évaluer la contagiosité vient de la sensibilité de cette technique : des quantités de virus insuffisantes pour qu’un patient soit contagieux peuvent être néanmoins détectées et donc donner un test positif. Là encore, il ne s’agit pas d’un faux positif mais de l’utilisation binaire de la RT-PCR alors que la contagion est une question de quantité de virus excrétée.

La RT-PCR amplifie au cours de cycles la quantité de matériel génétique viral présent dans l’échantillon de test jusqu’à la rendre détectable. A chaque cycle, la quantité de matériel génétique est multiplié par un facteur valant 2 en théorie et un peu moins en pratique. Pour un test, un nombre de cycles seuil (appelé « Cycle threshold » ou « Ct ») est défini : si le matériel génétique est détecté avec un nombre de cycles d’amplification inférieur ou égal à Ct, le patient est positif. Et négatif si ce n’est pas le cas.

Pour leur étude parue dans Eurosurveillance le 13 août (voir schéma ci-dessous), des chercheurs de l’Agence de santé publique anglaise ont mis en relation la valeur du « Ct » de tests RT-PCR positifs avec la possibilité de cultiver du virus à partir des mêmes échantillons – donc avec la possibilité que le patient soit contagieux.

Contagiosité Covid-19

Graphique issu de Singanayagam et al. (Eurosurveillance, 13 août 2020) traduit en français dans la newsletter n°17 de Frédéric Adnet, professeur de médecine d'urgence à l'Université de Paris 13.

Ils affirment avoir observé une « forte corrélation » entre la valeur du « Ct » et la possibilité de cultiver du virus vivant. Plus le Ct est élevé, moins cette possibilité est élevée. « La probabilité de cultiver du virus chute à 8 % dans des échantillons pour lesquels le Ct est supérieur à 35 (…) aussi bien chez les patients asymptomatiques que symptomatiques », concluent-ils.

Ces résultats indiquent que la valeur du Ct est corrélée avec la contagiosité. Jouer sur la valeur du Ct représente donc une piste pour mieux évaluer la contagiosité avec un test RT-PCR. Même s’il faut se garder de simplifier le problème : les tests RT-PCR ciblent en général 2 ou 3 séquences génétiques du virus, avec autant de Ct correspondants qui dépendent en outre des machines et des réactifs utilisés.

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