Covid-19 : Obépine met en ligne ses données sur les eaux usées pour une vision non biaisée de l'épidémie

Ce lundi 25 janvier, le réseau Obépine, dédié à la surveillance du SARS-CoV-2 dans les eaux usées, rend accessible en ligne des données issues d’une quarantaine de stations d’épuration. Fondé sur un protocole rigoureux de mesure de la concentration du virus dans les eaux usés, l'indicateur d'Obépine pourrait permettre d'avoir, enfin, une vision fidèle et non-biaisée de la circulation du virus dans les populations.

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Covid-19 : Obépine met en ligne ses données sur les eaux usées pour une vision non biaisée de l'épidémie

A partir de ce lundi 25 janvier, le réseau Obépine (observatoire épidémiologique dans les eaux usées) donne accès, sur son site internet, à des indicateurs de l’évolution des concentrations du génome du SARS-CoV-2 dans les eaux usées en entrée des stations d’épuration.

De quoi avoir une vision inédite de la circulation du virus dans des bassins de population : le coronavirus se répliquant aussi dans le tube digestif, les personnes infectées excrètent du virus dans leurs selles, qui se retrouve in fine dans les eaux usées et peut-être détecté par RT-PCR.

L’ouverture de ces données en « open data » concerne, dans un premier temps, une quarantaine de stations d’épuration, sur les 150 suivies par Obépine, avant d’être peu à peu étendue à l’ensemble du réseau de surveillance.

Des courbes de tendances régulièrement mises à jour, avec des données fiables

« Nous allons publier les indicateurs d’environ 30 collectivités, qui seront présentés sous la forme de courbes. Elles donneront un aperçu des quantités de traces du virus observés, sur une échelle allant jusqu’à 150 », expliquait Vincent Maréchal, virologue à Sorbonne Université et cofondateur du réseau. « Ces courbes seront mises à jour au fur et à mesure et ce seront les mêmes que nous communiqueront au ministère de la santé ».

Le réseau Obépine met à disposition des chiffres « critiqués », c’est-à-dire analysés et pondérés en fonction de nombreux critères, car selon ses créateurs, les données brutes issues des labos peuvent facilement être interprétées de manière erronée. L'apport essentiel d'Obépine a justement été de mettre au point un protocole fiable et homogène de mesure de la concentration du virus dans ce milieu complexe et variable du point de vue chimique que représentent les eaux usées.

Un indicateur qui évite nombre de biais dans l’évaluation de l’épidémie

L'indicateur d'Obépine devrait permettre d'avoir - enfin - une vision fidèle de l'évolution de la circulation du virus dans les populations. « Il s’agit d’un indicateur macroépidémiologique très intéressant car il porte sur l’ensemble de la population, et la méthodologie est restée la même depuis sa mise en place, le 5 mars », soutient Vincent Maréchal, « Par ailleurs, il donne un instantané assez précis d’une situation, alors que la dynamique de l’épidémie retranscrite via les résultats des tests peut avoir plusieurs jours de retard sur la réalité ».

Observation des symptômes, décision de se faire tester, réalisation du test, obtention des résultats... Les indicateurs basés sur les tests PCR ou antigéniques, comme le taux d'incidence de la Covid-19, sont en effet forcément en retard.

En outre, et c'est probablement le plus critique, ces indicateurs sont intrinsèquement biaisés par la stratégie de test mise en œuvre : capacité de dépistage, priorisation ou non des tests selon les personnes, prise en compte des tests antigéniques, vacances scolaires, etc. Enfin, les personnes asymptomatiques ne se font généralement pas tester alors que « 50 à 60 % des cas sont asymptomatiques », rappelle Vincent Maréchal.

Une détection précoce pour un outil au service de la stratégie sanitaire

Avec sa détection en quasi-temps réel de la circulation, cet indicateur permet donc de détecter l'évolution de l'épidémie de façon précoce par rapport aux tests et aux hospitalisations.

Cela a pu être confirmé pendant l’été où la seconde vague qui a imposé un second confinement en octobre a pu être identifiée dès le 20 juin. « Nous avons tiré la sonnette d’alarme très tôt, sans être entendu », déplore Vincent Maréchal. Et pour cause : cet été le virus a principalement circulé chez les jeunes, une population très largement asymptomatique. Le nombre de cas testé positif est donc resté bas pendant de nombreuses semaines, même si l’indicateur d’Obépine témoignait d’une présence de plus en plus importante du virus.

« Nous avons regretté à l’époque que notre indicateur ne serve pas davantage. Nous espérons aujourd’hui, avec l’ouverture des données au public, qu’il sera un outil pour mettre en place des stratégie sanitaire efficace », appuie Vincent Maréchal.

Obépine travaille aujourd'hui sur des méthodes d'analyse pour permettre de détecter les quantités de variants du SARS-CoV-2 dans les eaux usées. Des tests ont été effectués en Ile-de-France et les résultats devraient être connus prochainement.

[Article mis à jour le 25/01]

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