Covid-19 : La difficile estimation de la contagiosité accrue du variant indien

Le Sage, l'organisme scientifique conseillant le gouvernement britannique, s’est alarmé le 13 mai dernier de la transmissibilité accrue du variant B.1.617.2, dit « indien ». Mais il est encore difficile d'évaluer précisément son niveau de contagiosité. La notion de transmissibilité est complexe et mêle des facteurs comportementaux et environnementaux avec les caractéristiques propres du virus.

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Covid-19 : La difficile estimation de la contagiosité accrue du variant indien

Au Royaume-Uni, l’inquiétude monte face à la propagation du variant dit « indien » (le B.1.617), et plus particulièrement de sa sous-lignée B.1.617.2. Les données les plus récentes de Public Health England, au 19 mai, recensaient dans le pays 3 424 cas confirmés associés à cette dernière (l’immense majorité en Angleterre), dont 2 111 rien que la dernière semaine, depuis le 12 mai. Ce variant pourrait être 2,15 à 2,85 fois plus transmissible que la souche historique du Sars-Cov-2, d’après le Sage (Scientific advisory group for emergencies), l'organisme scientifique conseillant le gouvernement britannique en cas d'urgence.

Dans leur rapport du 13 mai, ses membres ont jugé « hautement probable » que B.1.617.2 soit plus transmissible que le variant dit « britannique » (nommé B.1.1.7). Un chiffre est même avancé : le B.1.617.2 pourrait être jusqu’à 50 % plus transmissible que le B.1.1.7, lui-même déjà 43 à 90 % plus contagieux que la souche historique du Sars-Cov-2, d’après les données du 29 avril de Santé publique France.

Un niveau de contagiosité encore incertain

Cette publication vient s’ajouter au reclassement du B.1.617.2 par le Royaume-Uni, le 6 mai, de « variant d’intérêt » à « variant préoccupant ». Quelques jours plus tard, l’OMS puis la France avaient suivi en mettant à jour leur classement de la lignée B.1.617 (toutes sous-lignées confondues). Dans son dernier point épidémiologique national, le 13 mai, Santé publique France dénombrait 24 cas de contamination au variant indien, dont 18 concernant la sous-lignée B.1.617.2.

Pour autant, ces démarches semblent davantage relever de la précaution que de l’évaluation précise du niveau de contagiosité du variant indien. Car il faut rester prudent : les données sur lesquelles le Sage appuie son analyse restent très préliminaires. C’est ce qu’à rappelé le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) le 11 mai, en annonçant maintenir au contraire le variant indien dans la catégorie « variant d’intérêt » de son classement. « L’impact éventuel de B.1.617.2 sur les systèmes de santé européens ne peut pas, à ce stade, être entièrement évalué », a jugé l'ECDC.

« Vu la façon dont le variant indien prend le dessus sur les autres souches en Inde et en Angleterre, il est probable qu’il présente une transmissibilité accrue, estime le professeur Olivier Schwartz, directeur de l’unité de recherche Virus et immunité à l’Institut Pasteur. Mais des études épidémiologiques plus approfondies sont nécessaires pour déterminer avec certitude son niveau de contagiosité. »

Des facteurs externes à écarter...

Mesurer la transmissibilité intrinsèque d’une souche virale n’est pas si aisé. Bien qu’elle ait désigné le variant B.1.617 comme « préoccupant », l’OMS l’admet le 9 mai dans rapport épidémiologique hebdomadaire : « Plusieurs facteurs peuvent potentiellement contribuer à l’accélération de la transmission de la Covid-19 en Inde. »

Au-delà de la lignée B.1.617, soupçonnée d’être plus contagieuse, ont pu intervenir des paramètres externes dont « les contributions individuelles exactes (...) ne sont pas bien comprises » : notamment le déroulement de « plusieurs réunions politiques et religieuses de masse » et un « possible relâchement de la population vis-à-vis des mesures sanitaires », note l'OMS.

On sait aussi par exemple que la plupart des contaminations détectées en Angleterre et en France sont des cas importés à l’issue de voyages – or les voyageurs constituent une population particulièrement testée. « La transmissibilité est une notion complexe, résume Olivier Schwartz. Elle peut dépendre de paramètres épidémiologiques, cellulaires, virologiques, comportementaux... Et même parfois climatiques. »

... et des paramètres internes à explorer

Une fois l’influence de facteurs externes écartée, reste à comprendre d’où vient réellement la transmissibilité accrue du variant. Car, là aussi, de nombreux paramètres (internes, cette fois) peuvent jouer. Une difficulté illustrée par le cas du variant dit « britannique ». Si un relatif consensus a fini par émerger sur son niveau de contagiosité, les mécanismes qui y contribuent sont toujours débattus.

« On sait que les mutations de sa protéine Spike lui permettent de se fixer avec plus d’efficacité sur les récepteurs des cellules cibles. Le nombre de particules virales nécessaire pour infecter une nouvelle personne se trouve alors réduit. Mais d’autres études, controversées, soulèvent des hypothèses supplémentaires, comme une charge virale plus élevée, ou une période de contagiosité plus longue », détaille le virologue Olivier Schwartz. Sans compter que d’autres voies sont à étudier, comme la modification de l’état inflammatoire de l’hôte et l'échappement aux anticorps.

La compréhension des mécanismes amenant à une contagiosité élevée peut aider à savoir comment réduire la circulation du virus. L'évaluation du niveau de contagiosité, elle, est cruciale pour définir le niveau de mobilisation contre la propagation du Covid-19. Cette évaluation, difficile, repose sur la mesure de la progression du variant concerné par séquençage génétique. Pour le variant indien comme précédemment pour le britannique, faute de capacité de séquençage suffisante en France, ce sera du Royaume-Uni ou du Danemark que viendront les réponses.

[Mise à jour du 25/05/21 : ajout des dernières données épidémiologiques du PHE]

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