Contagiosité, vaccination et détection, le variant anglais du Covid-19 en trois questions clés

Depuis la fin de l’année, un variant du SARS-CoV-2 s’est propagé en Angleterre à une vitesse beaucoup plus importante que les autres. Signalé dès septembre, ce variant nommé VUI202012/01 est maintenant majoritaire dans plusieurs régions d’Angleterre.

Depuis, il a passé la Manche et quelques cas ont été signalés en France, le premier ayant été signalé à Tours le 25 décembre. Quelles conséquences ce nouveau variant pourrait avoir sur la sortie de crise que l’arrivée des vaccins nous faisait entrevoir ?

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Est-il plus contagieux ?

Le variant d’un virus est une version qui a subi un certain nombre de mutations qui restent au fil de sa propagation et constitue une nouvelle branche du virus. Comme l’explique Isabelle Imbert, virologue et enseignante-chercheuse à Aix-Marseille Université, « ce n’est pas la première fois que SARS-CoV-2 mute. Comme tout virus à ARN, il y a une pression de sélection. Quand il arrive à trouver des mutations qui lui donnent un gain, il va les conserver. » Mais la vitesse de propagation de VUI202012/01 a rapidement poussé les chercheurs à se pencher sur sa contagiosité.

D’autres paramètres extérieurs comme une météo favorable dans les zones où il s’est développé auraient pu être la cause de sa surreprésentation dans les données britanniques. Mais les chercheurs doutent de moins en moins d’une contagiosité plus importante de ce variant pour expliquer sa propagation rapide.

« Il y a encore deux semaines, les résultats préliminaires ne faisaient que le suggérer mais depuis, de par les données épidémiologiques anglaises, on peut clairement dire que le variant anglais est plus infectieux, ce qui ne veut pas dire qu’il est plus pathogène ou plus virulent. Il infecte mieux les cellules » affirme la virologue.

Des études de l'Ecole de médecine tropicale de Londres et de l'Institut Anglais de santé publique PHE en cours de validation tendent à confirmer cette contagiosité plus élevée. Elles l’évaluent à plus de 50% par rapport à celle des autres variants préexistants du virus.

Dans la vingtaine de mutations de ce variant, neuf sont localisées sur la protéine Spike, qui est la clé du virus pour rentrer dans les cellules. Une hypothèse pouvant expliquer sa contagiosité plus importante serait que ces mutations permettraient au virus d’entrer plus efficacement dans les cellules.

Les gestes barrières et les mesures pour lutter contre le virus sont donc encore plus conseillées pour enrayer la propagation du virus.

Les vaccins sont-ils efficaces ?

Pour l’instant, l’efficacité des vaccins et notamment ceux à ARN messager n’est pas remis en cause par l’arrivée de ce variant car il est très proche de la souche première de Wuhan : « Il y a une vingtaine de mutations totale sur son génome et ça représente 29 nucléotides sur les 30 000 nucléotides que compte le génome du virus », selon la virologue.

Mais, pour les vaccins, les mutations du variant sur la protéine Spike doivent être prises plus au sérieux. Le principe des vaccins à ARN est en effet de faire fabriquer par nos cellules cette protéine, qui va être reconnue par notre corps comme étant du non-soi et va déclencher la production d’une soupe d’anticorps. En particulier des anticorps dits neutralisants qui vont reconnaître différentes zones de la protéine Spike et se fixer dessus. Ce qui leur permettra de bloquer une future attaque des cellules par le virus.

« Vu qu’il y a, à l’heure actuelle, seulement neuf changements sur cette clé, on peut être optimiste en disant qu’on a tout un arsenal d’anticorps neutralisants. Il n’y a à l'heure actuelle aucun élément qui indique que le vaccin pourrait être moins efficace », rassure Isabelle Imbert.

Les vaccins à ARN ont un autre avantage : « Comparé à un vaccin à protéines, les vaccins à ARN sont techniquement plus rapides à produire. Ainsi, si besoin, on pourra modifier le vaccin en fonction des évolutions du virus », renchérit la virologue.

Comment le détecter ?

Le Royaume-Uni a découvert la prédominance de ce variant dans différentes parties de sa population car elle utilise de façon très importante le séquençage des génomes viraux. Cette technique est la seule capable de repérer les mutations du virus. Mais la France n’a pas développé un tel réseau de séquençage suffisamment efficace.

Le séquençage est de toute façon mal adapté à une détection rapide. Mais il existe une autre possibilité pour, non pas réellement identifier le nouveau variant, mais obtenir un indice fort de sa présence ou non présence. Et ce en utilisant des tests RT-PCR.

Les tests PCR fonctionnent en cherchant à détecter deux à trois séquences génétiques virales. Ces séquences cibles peuvent être différentes selon le fabricant du test. Or une équipe française a montré que, pour certains variants dont le fameux variant anglais, l'une des trois cibles du test du fabriquant Thermo Fischer est concernée par les mutations et n'est pas détectée.

Autrement dit, si le test ThermoFischer est positif pour les deux autres cibles mais négatif pour la cible mutée, il y a de fortes chances que cela traduise une infection au variant anglais. Et inversement : une positivité sur les trois cibles écarte avec une haute probabilité le variant. De quoi, donc, procéder à un dépistage de masse en ne confirmant, par séquençage dans une seconde étape, que les échantillons suspectés de contenir le variant.

Cette technique est intéressante tant que la France n’a pas de réseau de séquençage aussi efficace qu’outre-manche mais le déploiement d’un tel réseau faciliterait grandement le suivi de ce variant à l’intérieur des frontières de l’Hexagone.

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