Comment le Danemark, l’autre pays du séquençage, a décidé de réagir face au variant anglais

Le Danemark a prolongé et durci son confinement pour éviter une nouvelle vague de Covid-19 liée au variant anglais. Une décision fondée sur l'observation d'une circulation accrue de ce variant dans le pays grâce à un réseau de séquençage du génome du coronavirus très important.

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Comment le Danemark, l’autre pays du séquençage, a décidé de réagir face au variant anglais

Pourquoi le Danemark a-t-il encore durci son confinement ? Après une montée en puissance des restrictions en décembre, avec la généralisation du télétravail, la fermeture des écoles, des bars, des restaurants et des commerces (à l’exception des pharmacie et magasins alimentaires), le gouvernement danois a ajouté le 6 janvier dernier l'interdiction de se réunir à plus de cinq personnes à l’extérieur comme à l’intérieur et l'obligation de respecter une distance de deux mètres entre les personnes.

Alors que l'incidence du Covid-19 a été pratiquement divisée par deux dans le pays depuis un pic autour du 20 décembre, le Danemark a décidé d'agir pour éviter une explosion de cas liée au variant anglais, le VUI 202012/01 (aussi appelé B.1.1.7, du nom de son lignage phylogénétique). Une décision que le pays a fondé sur une véritable observation de l'arrivée et de la circulation du variant grâce au séquençage.

Une vigie européenne à l’heure du variant anglais

Le Danemark est en effet l'un des pays européens qui séquencent le plus l’ARN du coronavirus des patients infectés (rapporté au nombre d’habitants), selon les données recueillies par le site Our World in Data. « Le Danemark a de bonnes données car ils ont séquencé très rapidement et arrivent maintenant à près de 15 000 séquençages » confirme François Blanquart, chargé de recherche et épidémiologiste au CNRS. Les informations de ce séquençage intensif du génome du coronavirus sont recueillies par le Statens Serum Institut, l’institut national danois sur les maladies infectieuses, qui publie régulièrement des rapports sur la situation nationale.

Ce séquençage très fréquent du génome du virus permet au Danemark d’être en pointe sur l’observation du variant anglais. Le Statens Serum Institut a pu constater que, de mi-novembre à mi-décembre 2020, ce variant soupçonné d’être plus de 50% plus contagieux, n’était que très peu présent sur le territoire danois. Il ne représentait que 0 à 0,5% des séquences d’ARN étudiées.

Mais, selon leur rapport datant du 9 janvier dernier, la fréquence de VUI 202012/01 a commencé à sensiblement augmenter depuis, passant de 0,9% dans les données de la semaine du 16 décembre à 2,9% des séquences examinées pendant la dernière semaine de 2020. Ce sont ces résultats qui ont fondé la décision de prolonger et d'intensifier le confinement dans le pays.

Confirmation d'une plus grande contagiosité

Ces observations permettent aussi de renforcer l'hypothèse d'une plus grande contagiosité du variant anglais, qui ne reposait, pour l'essentiel, que sur les données issues du Royaume-Uni. « Les données assez complètes du Danemark montrent que ce variant augmente, en fréquence, à un rythme compatible avec ce qui a été inféré en Angleterre. Ce sont les deux contextes où l’on a les données et elles vont dans le même sens », affirme François Blanquart.

Ces deux contextes ne sont pas totalement indépendants puisque le flux de personnes circulant d’Angleterre vers le Danemark n’est pas totalement tari mais « les cas de variant anglais au Danemark sont quand même très liés à la transmission locale et ne sont pas souvent des gens qui ont un historique de voyages en Angleterre », pointe l’épidémiologiste.

Pour l’épidémiologiste, « La France est capable de séquencer de la même façon le virus et ça va se faire, peut-être pas avec la même ampleur qu’au Danemark». Cette montée en puissance des séquençages du génome du virus en France permettrait au gouvernement français d'avoir un outil de pilotage plus fin et aux chercheurs d'avoir un autre contexte que le Royaume-Uni ou le Danemark pour analyser l'évolution du virus.

Les visons rappellent à la raison

Cette observation fine du virus a permis aux autorités danoises de réagir très vite aussi, par exemple, lors de l’apparition d’un variant du SARS-CoV-2 du vison chez l’être humain en décidant d’abattre 17 millions de visons. Mais cette réaction a peut-être même été trop rapide car, les données sur le virus prenant le pas sur toute autre information, le gouvernement danois a ensuite dû se raviser après avoir enterré 4 millions de ces visons se rendant compte des possibles conséquences sanitaires et écologiques trop tard. Un rappel qu’il ne faut pas se focaliser sur les seules données épidémiologiques.

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