"L’épidémie d'E-Coli actuelle est exceptionnelle"

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Suite à l'épidémie qui touche l'Allemagne, Gilles Salvat, directeur du laboratoire Anses (Agence nationale de sécurité sanitaire) de Ploufragan-Plouzané (Finistère), spécialisé sur la qualité sanitaire des denrées animales, revient pour L'Usine Nouvelle sur les risques des bactéries E-Coli.

L'Usine Nouvelle - D’où viennent les bactéries Escherichia Coli ?
Gilles Salvat - Il y a une multitude de sortes d’E-Coli différentes, dont beaucoup ne sont pas pathogènes. L’homme en possède plusieurs millions dans son tube digestif, de même que les animaux. Mais certaines souches ont acquis au cours du temps un caractère pathogène. C’est notamment le cas de O157 :H7 dans le secteur de la viande, que l’on surveille particulièrement dans les steaks hachés. Dans le groupe des E-Coli producteurs de shiga-toxines (STEC), on surveille notamment O157, O26 et O103. O104 était quasi inconnu à ce jour, ce dernier étant beaucoup plus rare. On trouve ces bactéries chez des porteurs asymptomatiques, notamment des bovins et des ovins qui l'hébergent dans leur tube digestif sans déclarer de maladie. C’est au cours de l’abattage que la bactérie peut se retrouver dans la viande.

Comment se situent les bactéries E-Coli en matière de risque ?
Dans le dernier rapport de l’Efsa, qui date de 2011 (avec des chiffres de 2009), les E-Coli STEC sont la quatrième cause de toxi-infection alimentaire (TIA) en Europe avec 3 600 cas, très loin derrière les campylobacters (190 600 cas), les salmonelles (108 600 cas) et les yersinia (7 600 cas). Par contre, le rapport de fréquence des cas à leur gravité fait qu’ils sont une des principales inquiétudes sanitaires, notamment dans le secteur des viandes. Surtout quand on sait que les doses infectieuses sont faibles, contrairement aux salmonelles, avec lesquelles il faut une quantité de bactéries importantes pour qu’il y ait un risque.

Dans le cas actuel en Allemagne, quelle est la souche incriminée ?
Il s’agit de la souche O104: H4. Une souche rare et particulièrement virulente. On observe des complications graves dans 20 % des cas, ce qui est énorme. 373 cas de syndromes hémolytique et urémique et 1 200 cas diarrhéiques sur quinze jours, c’est exceptionnel. Sans compter que la sociologie de l'infection est surprenante : d’habitude, ce genre de bactérie entraîne des complications chez les jeunes enfants et les personnes âgées, plus vulnérables. Ici, ce sont des adultes, et particulièrement des femmes. Soit la bactérie a un tropisme particulier pour des récepteurs qui sont plutôt chez les populations féminines, ou alors plus vraisemblablement, les femmes ont des comportements alimentaires différents, et mangent plus de crudités. Difficile à dire…

Quelle est l’origine ?
Généralement, quand on remonte la contamination, on trouve des animaux. La contamination a pu se faire par irrigation avec de l’eau contaminée par des déjections animales, ou alors par des fertilisants organiques (fumiers – NDLR) contaminés. Il est moins probable que la contamination se soit faite lors du transport puisque les concombres sont généralement pelliculés avec du plastique et qu’ils sont transportés dans des caisses en plastique.

Dans quels autres produits peut-on trouver des E-Coli ?
Hormis les fruits et légumes et la viande, les produits laitiers peuvent également être contaminés. Mais ces bactéries ne résistent pas à un traitement thermique à 70°C pendant deux minutes. Généralement, elles sont détruites au cours de la fabrication dans les conditions normales de production, sauf dans le cas d’une re-contamination après la fabrication. Le lait cru est plus sensible puisqu’il ne subit pas de traitement thermique (pasteurisation, thermisation).

Comment détecte-t-on ces bactéries ?
Le problème, c’est de détecter quelques E-Coli pathogènes parmi des milliers d’E-Coli non-pathogènes. Il faut donc mettre en place des méthodes d’enrichissement préalable (c’est-à-dire dans un milieu de culture -NDLR), et ensuite les détecter avec des technologies PCR. Il faut environ 24 heures pour détecter une souche STEC et 72 à 96 heures pour déterminer la souche avec exactitude. Il est difficile de faire mieux : on recherche quand même une aiguille dans une botte de foin…

Comment les industriels peuvent se prémunir ?
Ils ne seront jamais à l’abri d’une contamination. Le risque zéro n’existe pas. Il y a des accidents, comme en 2005 sur le steak haché, et quelques cas, ce sont toujours des cas en trop. Mais globalement, l’industrie a atteint un grand degré de maturité dans la maîtrise de la sécurité, que ce soit dans les process de fabrication : hygiène des animaux mis à l’abattage, traitement des souillures lors de l’abattage, méthodes de découpe de la viande, mais aussi dans les contrôles. Dans le secteur de la viande, il existe des codes de bonnes pratiques professionnels qui ont été validés par l’Anses. Le problème avec la viande, notamment le steak haché, c’est que la contamination à l’abattage se fait sur la surface du muscle. Or quand on élabore un steak haché, on malaxe la viande et la bactérie qui était sur la surface peut se retrouver à l’intérieur du steak. Si le consommateur mange son steak saignant et que la viande n’est pas assez cuite, la bactérie peut survivre.

Et dans les produits laitiers ?
Ils sont aussi ultra-contrôlés car le lait cru est un produit à risque. Mais dans un pays comme la France où l’on est attaché à la typicité des produits, avec le lait thermisé on détruit la flore microbienne et on perd la typicité des produits. Un produit au lait thermisé n’a pas le même goût. L’industriel doit donc faire attention à la sélection des troupeaux qui fournissent le lait cru, prendre des mesures drastiques de réception et de traitement du lait de séparation des process afin d’éviter les contaminations croisées. On arrive aujourd’hui à un niveau de risque qui, eu égards aux bénéfices gustatifs, peut être considéré comme acceptable…

Quelles sont les pistes de travail pour l’industrie ?
On pourrait imaginer des méthodes plus rapides, plus fiables, et moins chères pour détecter la bactérie, notamment dans les matières fécales des animaux afin d’éliminer, au sein des élevages, ceux qui seraient porteurs de la bactérie. C’est techniquement très difficile à mettre en place, car les animaux sont excréteurs intermittents, ce qui pose d’énormes problèmes d’échantillonnages. Donc le risque zéro à l’amont est impossible. Il y a eu beaucoup de progrès dans les techniques d’abattage, dans la séparation des cuirs, et dans l’éviscération des animaux afin d’éviter les percements d’intestins. Les industriels disposent de plans d'échantillonnages fiables, au risque statistique près. Les analyses de lots, en agroalimentaire, sont destructrices. On analyse un steak haché sur la ligne de production, mais pas son voisin. Or la contamination par une bactérie pathogène est rare et hétérogène…